Szata roślinna i fauna obszarów należących do Gminy Jerzmanowice – Przeginia, jak i całej Wyżyny Krakowskie już od początku XIX wieku budziły zainteresowanie przyrodników. Swoistą cechą odróżniającą ten obszar od innych regionów naszego kraju jest niezwykłe bogactwo i różnorodność szaty roślinnej oraz fauny, które niejednokrotnie zdumiewają nawet najbardziej doświadczonych przyrodników.
W jurajskich dolinkach występują bowiem obok siebie gatunki górskie i borealno – górskie typowe dla zimnego, wilgotnego klimatu oraz ciepłolubne, kserotermiczne, zwane często stepowymi, reprezentujące element południowy i południowo – wschodni. Cieniste lasy przeplatają się w mozaikowych układach prześwietlonymi słońcem zaroślami i murawami skał wapiennych. Roślinność suchych wierzchowin, wzgórz i zboczy sąsiaduje z bagiennymi łąkami i torfowiskami w dnach dolin. Szczególne bogactwo fauny i flory stosunkowo na niewielkim obszarze ma miejsce na terenie Ojcowskiego Parku Narodowego z którym bezpośrednio graniczy Gminy Jerzmanowice – Przeginia, a część terenów należących do gminy stanowi otulinę parku.
Współczesny charakter przyrody żywej omawianego terenu ukształtował się pod wpływem wielu czynników, jak np. bardzo zróżnicowana rzeźba terenu oraz duża zmienność warunków podłoża i mikroklimatu, rozwój szaty roślinnej i fauny w epoce lodowcowej i holocenie, a wreszcie działalność gospodarcza człowieka w czasach historycznych.
We florze przeważają gatunki szeroko rozprzestrzenione w północnej i środkowej części Europu oraz Azji. Dużo jest wśród nich roślin o charakterze eurosyberyjskim, np. sosna, jarzębina, majownik dwulistny i inne. Najliczniejsze są jednakże gatunki mające swe centrum w Europie Środkowej. Należy tu większość pospolitych składników flory Wyżyny, np. zawilec gajowy i wiele gatunków drzew: lipa szerokolistna, buk, grab i dąb szypułkowy. Również zdecydowana większość górskiej flory Wyżyny należy do elementu środkowoeuropejskiego. Gatunki rozpowszechnione we wszystkich pasmach tego obszar reprezentują: parzydło leśne, jawor i jodła, natomiast tojad smukły jest przykładem rośliny o charakterze sudecko – karpackim, a żywiec gruczołowaty i tojad mołdawski to subendemity karpackie. Bardzo interesującą, ale nieliczną grupę tworzą gatunki arktyczno – alpejskie, które występują z jednej strony na północy w strefie tundry i lasotundry, z drugiej w górach Europy środkowej. Na obszarze Wyżyny mają one zdecydowanie reliktowy charakter i rosną na szczególnie zimnych siedliskach, gdzie przetrwały od czasów plejstocenu. Z roślin tych należy wymienić skalnicę gronową występującą na skałach w Dolinie Będkowskiej. Arktyczno – górski charakter rozmieszczenia geograficznego mają również dwa gatunki okrzemek żyjące w zimnych wodach potoku Sąspówka.
Szczególnie ważną cechą wyróżniającą jurajską florę i wyraźnie odróżniającą ją od flory niżu jest niezwykłe bogactwo gatunków górskich. Mimo to brak jest na tym obszarze gatunków endemicznych tj. rosnących wyłącznie na tym terenie. Najliczniejsze są gatunki typowe dla zbiorowisk leśnych piętra reglowego naszych Karpat. Występują one głownie na zboczach północnych, w głębokich wąwozach i w cieniu dużych masywów skalnych, w obrębie lasów bukowych, jaworowych i cienistych grądów. Wczesną wiosną spotykamy tu liczne czerwono – fioletowe kwiaty żywca gruczołowatego, spod butwiejącej ściółki wyłaniają się kwiatostany lepiężnika białego, który podobnie jak niepozorny przetacznik górski najchętniej rośnie w wilgotnych dnach wąwozów, głębokich dnach dolin. W miejscach szczególnie chłodnych i cienistych, w śród lasów jaworowych rośnie okazale kwitnąca miesiącznica trwała.
Rośliny kserotermiczne i ciepłolubne to grupa gatunków charakterystyczna dla całego obszaru jurajskiego. Są one przywiązane do siedlisk wybitnie suchych, ciepłych i silnie nasłonecznionych. W krajobrazie dolin i wzgórz jurajskich gminy Jerzmanowice – Przeginia najbardziej widoczna jest flora kserotermiczna i ciepłolubna roślin naczyniowych. Występowanie tychże roślin jest silnie ograniczone do skalistych zboczy o ekspozycji południowej, odznaczających się nadzwyczaj suchym i ciepłym mikroklimatem, że w słoneczne dni letnie temperatura w przygruntowej warstwie roślinności dochodzi do około 50oC. Do najbardziej interesujących gatunków należy tutaj turzyca, przetacznik, czy macierzanka, która ma tutaj reliktowe stanowisko.
Fauna na tym obszarze jest dość dobrze zbadana. Główny zrąb fauny tworzą niewątpliwie gatunki szeroko rozpowszechnione. Jednak podobnie jak w przypadku flory, bardzo silnie zaznaczają się powiązania, w znacznym stopniu o kontynentalnym, stepowym charakterze. Powiązania północne są o wiele słabsze i z pewnością bardziej odległe w czasie, gdyż sięgają plejstocenu.
Bardzo duży odsetek fauny stanowią gatunki o różnorodnym charakterze południowym, związane ciepłymi obszarami południowej i południowo – wschodniej Europy, Azji Mniejszej oraz kontynentalnymi obszarami wschodniej Azji. Szczególnie licznych przedstawicieli tego gatunku znajdujemy wśród bezkręgowców. W Dolinie Sąspowskiej na półkach skalnych, wśród kserotermicznych muraw, żyje nadzwyczaj interesująca stonoga, znana w Polsce tylko z kilku miejsc w Niecce Nidziańskiej, z okolic Sandomierza, czy z Pienin. Sporo typowo południowych gatunków występuje wśród chrząszczy (np. ryjkowce, kózki). Podobnież dużo gatunków można spotkać wśród mięczaków. W grupie kręgowców gatunki o charakterze południowym, nawet w najszerszym tego słowa znaczeniu są bardzo rzadkie. Jednak na terenie Gminy Jerzmanowice – Przeginia można znaleźć w Jaskini Nietoperzowej podkowca dużego, który ma tutaj najdalej na północ wysunięte, jedyne w Polsce stanowisko. Fauna nietoperzy na tym terenie ma wyjątkową wartość. Prócz wspomnianego podkowca dużego z dwudziestu znanych gatunków nietoperzy w Polsce 19 z nich występuje właśnie na tym terenie. Wszystkie gatunki nietoperzy objęte są ochroną gatunkową. Kręgowce reprezentowane są jeszcze przez chomika, który obecnie zasiedla prócz formacji stepowych pola uprawne.
Fauna górska, związana z obszarami gór i panujących tu warunkami chłodnego lub zimnego klimatu, tylko wyspowo pojawia się w Polsce niżowej, najliczniej w strefie wyżyn południowozachodnich. Obszar Wyżyny Krakowskiej należy do najbogatszych ostoi tych gatunków z uwagi na bliskie sąsiedztwo Karpat oraz korzystne warunki siedliskowe. Największe nagromadzenie stanowisk górskich form zwierząt spotykamy w głębokich cienistych dolinach na całym Płaskowyżu Ojcowskim. Zupełnym przeciwieństwem fauny górskiej są zwierzęta o charakterze ciepłolubnym i sucholubnym, zwane często kserotermicznymi. Spotykamy tutaj przede wszystkim przedstawicieli bezkręgowców, jak także interesującą grupę owadów (chrząszcze z rodziny bogatkowatych, motyle. W obrębie kręgowców można spotkać formy ciepłolubne do których zaliczamy węża gniewosza, niektóre gatunki ptaków (makolągwa, białorzytka).