Teren Gminy znajduje się w dorzeczach 3 rzek: Rudawy, Prądnika i Białej Przemszy. W dorzeczu Białej Przemszy znajduje się północno – zachodni skrawek gminy, w dorzeczu Prądnika – wieś Sąspów, natomiast pozostała część gminy w dorzeczu Rudawy.
Do rzek tych spływają wody w potoków: do Rudawy m. in. Szklarka wraz z Racławką, do Prądnika – Sąspówka. Rzeka Rudawa stanowi jedno ze źródeł zaopatrzenia w wodę aglomeracji krakowskiej. Największymi zagrożeniami dla stanu czystości jej wód są spływające wraz z wodami opadowymi z obszarów eksploatowanych rolniczo nawozy i środki chemiczne ochrony roślin, nieoczyszczone ścieki i ich zrzuty z wypełnionych szamb.
Podstawa prawna: rozporządzenie Ministra Środowiska z dnia 27 listopada 2002 r. w sprawie wymagań, jakim powinny odpowiadać wody powierzchniowe wykorzystywane do zaopatrzenia ludności w wodę przeznaczoną do spożycia (Dz.U. nr 204, poz.1728). W 2008 przeprowadzona badania w zlewni rzeki Rudawa.
Tabela: Ocena wód ujmowanych do zaopatrzenia ludności w wodę przeznaczoną do spożycia w 2008 roku.
Tabela: Zmiany jakości wód przeznaczonych do spożycia w latach 2004 - 2008
Ustala się trzy kategorie jakości wody, w zależności od wartości granicznych wskaźników jakości wody, które z uwagi na ich zanieczyszczenie muszą być poddane standardowym procesom uzdatniania, w celu uzyskania wody przeznaczonej do spożycia:
Wody rzeki Rudawka klasyfikują się do kategorii A3, a więc do wód wymagających wysokosprawnego uzdatniania. Ocenę stanu wód dokonana również zgodnie z rozporządzeniem Ministra Środowiska z dnia 20 sierpnia 2008 roku w sprawie sposobu klasyfikacji jednolitych części wód powierzchniowych (Dz.U. Nr 162 poz. 1008). Ocena ta będzie weryfikowana.
Według wstępnej oceny, stan wód powierzchniowych jest zły.