Współczesna rzeźba obszaru gminy Jerzmanowice – Przeginia położonej na Wyżynie Śląsko – Krakowskiej jest wynikiem długoletniego, wieloetapowego rozwoju, którego początki sięgają schyłku kredy. Rzeźba ta jest wysoce urozmaicona i w dużym stopniu predysponowana budową geologiczną.
Obszar w obrębie którego znajduje się Gmina Jerzmanowice – Przeginia nazywany potocznie jest Jurą Krakowską. Nazwa ta wiąże się z występowaniem na znacznej części tego obszaru wapieni jurajskich, które ciągną się szerokim pasem od okolic Krakowa ku północy przez okolice Częstochowy, aż po Wieluń. Cały ten pas bywa określany jako Jura Krakowsko – Częstochowska lub Krakowsko – Wieluńska, przez geologów zaś jako Jura Polska.
W ciągu setek milionów lat rozwoju, na które złożyło się wiele etapów powstawania występujących tu skał, etapów ich niszczenia i procesów denudacyjnych, a także etapów ruchów tektonicznych, o różnym styku i intensywności spowodowało utworzenie tutaj malowniczych terenów decydujących o walorach krajobrazowych Jury.
Gmina Jerzmanowice – Przeginia w województwie małopolskim położona jest na południowo – wschodnim skraju regionu geologicznego zwanego monokliną śląsko – krakowską. Region ten, w najbardziej ogólny sposób, można sobie wyobrazić jako rozległą płytę nachyloną w kierunku północno – wschodnim. Takie nachylenie powoduje, że posuwając się ze wschodu na zachód, natrafiamy na skłony coraz to starsze, kredowe, jurajskie, triasowe, permskie, karbońskie i dewońskie. Południowa część monokliny obniża się stopniami i zanurza się pod nasunięte od południa Karpaty. Strefa ciągnąca się bezpośrednio przed północną krawędzią Karpat nosi nazwę zapadliska przedkarpackiego. Monoklina śląsko – krakowska składa się z dwóch, wielkich kompleksów skalnych. Niższy tworzą osady karbońskie, dewońskie i starsze. Zostały one w karbonie sfałdowane i pocięte uskokami podczas hercyńskich ruchów górotwórczych. Ostatnim fazom ruchów górotwórczych towarzyszyły zjawiska wulkaniczne. Powstały wówczas, występujące w zachodniej części obszaru krakowskiego, magmowe skały wylewne: porfiry, melafiry, diabazy, tufy i tufity. Wypiętrzone strefy zostały później zrównane po czym obszar został pokryty osadami permu, triasu, jury i kredy. Osady te tworzą wyższy kompleks. W omawianym regionie dominują wapienie górnej jury. Wapienie te wykształcone są głownie w postaci trzech typów litologicznych. Pierwszym z nich są wapienie płytowe. Są one cienkoławicowe i w stosunku do pozostałych typów najmniej odporne na wietrzenie i erozję. Zawierają znaczne ilości skamieniałości, szczególnie często spotyka się w nich odlewy muszli amonitów. Drugi tym stanowią wapienie skaliste. Cechuje je brak uławicenia, nierzadko gruzłowaty charakter, znaczna twardość i zwięzłość. Poza gąbkami zawierają mało skamieniałości. Wapienie skaliste tworzyły się jednocześnie wraz z innymi typami wapieni górnej jury i w wielu odsłonięciach można obserwować wzajemne ich przejścia. Znaczna odporność wapieni skalistych powoduje, że odgrywają one dużą role w dzisiejszej rzeźbie terenu, tworząc na zboczach dolin, a także na powierzchni jurajskiej wierzchowiny charakterystyczne skałki – ostańce. Trzeci typ tworzą wapienie uławicone. Zbliżone nieco do wapieni skalistych, różnią się od nich wyraźnym uławiceniem o obecnością krzemieni. Dość często spotyka się w nich ramienionogi, nierzadko także odciski gąbek. Największe rozprzestrzenienie na interesującym nas terenie ma gruby, prawie trzystumetrowej miąższości kompleks wapieni górnej jury, stanowiący nadzwyczaj charakterystyczny utwór regiony krakowskiego. Na wschód od zwartej pokrywy jurajskich utworów odsłaniają się skały wieku kredowego. U schyłku kredy, oba kompleksy skalne został nachylone w kierunku północno – wschodnim, co spowodowało powstanie budowy monoklinalnej.
W paleogenie obszar monokliny śląsko – krakowskiej był lądem, którego powierzchnia ulegała niszczeniu. Długotrwały proces niszczenia doprowadził do usunięcia grubych serii skalnych, przede wszystkim w strefie najbardziej podniesionej a więc w południowo – zachodniej części monokliny. Z tego powodu tam właśnie odsłaniają się dzisiaj głównie skały starszego kompleksu. Najstarszymi skałami odsłaniającymi się na powierzchni w rejonie krakowskim są dolomity środkowego dewonu.
W neogenie fałdujące się Karpaty spowodowały popękanie sztywnej płyty monokliny śląsko – krakowskiej na różnej wielkości bloki. Wypiętrzone wówczas zręby zaznaczają się z reguły wyraźnie w dzisiejszej rzeźbie terenu jako wzgórza, oddzielone od przyległych zapadlisk tektonicznych stromymi zboczami o prostolinijnym przebiegu. Ogólnie jednak cała południowa część przedmurza Karpat została obniżona i w strefę tę wlało się morze mioceńskie. Najbardziej charakterystycznym osadem tego morza są iły. Wypełniają one dzisiaj większość zapadlisk tektonicznych, a ich grubość wynosi kilkaset metrów. Trzeciorzędowa tektonika uskokowa doprowadziła z reguły do bezpośredniego kontaktowania się ze sobą miękkich iłów i wapieni jurajskich. Duże różnice odporności tych skał były przyczyną tego, że podczas późniejszych procesów denudacyjnych trzon zrębów tektonicznych został odreparowany, a niewielkim tylko stopniu zniszczony. Dzięki temu uskoki trzeciorzędowe zaznaczają się wyraźnie w dzisiejszej rzeźbie.
Długie, wąskie zapadlisko rowu krzeszowickiego znajdujące się na południe od obszaru należącego do gminy Jerzmanowice – Przeginia i dzieli rejon krakowski na dwie części. Obszar położony na północ od zapadliska, a więc nas interesujący jest w stosunku do niego podniesiony i oddzielony strefą uskoków, na których rozwinął się wyraźny próg morfologiczny. Na wierzchowinie tego obszaru zachowały się rozległe paleogeńskiej powierzchni zrównania, ponad którą wznoszą się malownicze skałki zwane ostańcami. Średnia wysokość wierzchowiny wynosi 400 – 450m n.p.m. a najwyższy jej punkt stanowi Skała 502 (512,4m n.p.m.) zwana również Grodziskiem, Wyjżoł – będąca osobliwością tego terenu i znajdująca się w grupie tzw. ostańców jerzmanowickich.
Charakterystycznymi elementami rzeźby są także stosunkowo wąskie, głębokie doliny, szczególnie dobrze rozwinięte np.: Racławki, Szklarki, Będkowska. Na zboczach dolin widoczne są terasy skalne będące śladem kolejnych etapów ich rozwoju.
Wapienne podłoże uległo oraz nadal ulega procesom krasowym. Ich rezultatem są liczne w rejonie jaskinie krasowe, a także martwice wapienne. Wyjątkowe duże nagromadzenie jaskiń (liczba poznanych jaskiń przekracza już 1000). Jest kolejną osobliwością tegoż terenu. Na obszarze gminy Jerzmanowice – Przeginia występują jaskinie: Jaskinia Nietoperzowa, Koziarnia, Dziewicza, Racławicka (Grzmiączka), Łabajowa, Szeroki Aven, Ciasny Aven, Kręta, Pod Kościołem, Góralska, Psia Klatka, Sadlana, Szklarska. Jaskinie tu są w zasadzie bezwodne. Wielkość ich jest bardzo różna. Niekiedy są to tylko małe wnęki zwane schroniskami. Najbardziej atrakcyjną jaskinią w gminie jest Jaskinia Nietoperzowa stanowiąca pomnik przyrody. Wielki ostrołukowy otwór wejściowy położony na wysokości 447 m n.p.m., prowadzi do korytarzy i komór o łącznej długości 376 m. Jaskinia zdumiewa nie tylko wielkością - można w niej podziwiać piękne nacieki stalaktytowe tworzące kształty warkoczy i wodospadów, niestety osmolone łuczywem przez nieostrożnych turystów. W jej korytarzach znaleziono ślady człowieka sprzed 70000 lat (środkowy paleolit), zęby i kości zwierząt plejstoceńskich oraz ślady palenisk i narzędzi z okresu kamienia łupanego. Niektóre z tych znalezisk dały nawet nazwę specyficznej formacji – „kulturze jerzmanowickiej” istniejącej około 38000 lat temu. W głębszych partiach jaskini zamieszkują nietoperze, od których wzięła się nazwa jaskini. W 1998 roku w komorach jaskini kręcono sekwencję filmu "Ogniem i mieczem" - scenę porwania Heleny w Czarcim Jarze. Jaskinia znajduje się na terenie prywatnej działki Zygmunta Ferdka (Jerzmanowice, Kolonia I Wschodnia nr bud, 79), który jest organizatorem zwiedzania tel. (012) 3895-395 lub (032) 2922-831, (032)2029-675). Grota jest oświetlona elektrycznie. Długość trasy wynosi 306 m, a czas zwiedzania około 40 minut. Zwiedzając jaskinie można zobaczyć ekspozycję znalezionych w niej kości zwierząt plejstocenu i holocenu, wyrobów krzemiennych neolitu, ceramiki kultur: lendzielskiej, trzcinieckiej, łużyckiej i wczesnego średniowiecza, kości nietoperzy i tzw. perły jaskiniowe.
Osady czwartorzędowe reprezentowane są przez piaski rzecznolodowcowe, szeroko rozprzestrzenioną pokrywę lessu oraz lokalnie tylko zachowane osady morenowe. Lądolód pokrył interesujący nas obszar tylko raz, w czasie zlodowacenia krajowskiego. Miąższość osadów czwartorzędowych jest stosunkowo niewielka i rzadko przekracza kilkanaście metrów.