Najstarsze ślady działalności ludzkiej dokumentowane są badaniami archeologicznymi, które na terenie gminy Jerzmanowice - Przeginia i sąsiednich obszarach Wyżyny Krakowskiej są bardzo liczne. Na Wyżynie Krakowskiej odkryte zostały pochodzące z paleolitu pozostałości życia małych izolowanych grup łowców o neandertalskim typie fizycznym - ten typ penetracji ludzkiej zakończył się na Wyżynie Krakowskiej ok. 40 tys. lat p.n.e. W środkowej fazie zlodowacenia Würm na terenach jurajskich pojawił się Homo sapiens – obozujące tu gromady łowców polowały w zorganizowany sposób na niedźwiedzie i inne duże ssaki. Ich pozostałością są m.in. materiały zaliczane do kultury jerzmanowickiej, pochodzące z górnego paleolitu, datowane na okres pomiędzy 40 a 10 tys. lat p.n.e. W okresie późnego paleolitu na terenach jurajskich żyły grupy ludzkie zaliczane do kultury prądnickiej. Od początku neolitu (4500-1800 lat p.n.e.) obszary Wyżyny Krakowskiej nabrały szczególnego znaczenia, przede wszystkim jako obszar eksploatacji poszukiwanego surowca krzemiennego. Poza głęboko wciętymi dolinami rozwijało się również osadnictwo rolnicze. Następujące później zastępowanie krzemienia metalem w produkcji narzędzi spowodowało utratę znaczenia obszaru jurajskiego, który był dość słabo wykorzystywany rolniczo. Osadnictwo ludności z okresu wpływów rzymskich było na tym obszarze nietrwałe, a regularne osadnictwo miało miejsce na tych terenach we wczesnym średniowieczu.
Na terenie gminy Jerzmanowice-Przeginia zarejestrowanych zostało aż 361 stanowisk archeologicznych, wśród których znajduje się 6 wpisanych do rejestru zabytków. Pozostałości obozowiska pochodzącego ze środkowego paleolitu odkryto m.in. w Jaskini Nietoperzowej. W jaskini Koziarnia w Sąspowie oraz w Jaskini Nietoperzowej odkryte zostały pochodzące z górnego paleolitu materiały archeologiczne należące do kultury jerzmanowickiej. W Sąspowie i w Jerzmanowicach odkryte zostały także neolityczne kopalnie i pracownie krzemieniarskie zaliczane do kultury lendzielskiej, datowane na drugą połowę IV tysiąclecia p.n.e.
W końcu X w. ziemie będące zalążkiem późniejszej Małopolski podporządkowane zostały Mieszkowi I, a w początku XI w. Kraków został ich stolicą. Gmina Jerzmanowice-Przeginia leży w terenach, gdzie czynnikiem decydującym o powstawaniu osad było położenie obszaru posiadającego walory obronne na przedpolu Krakowa, sąsiedztwo ośrodków górniczych Olkusza i Sławkowa oraz istnienie zamków i grodzisk strzegących szlaków komunikacyjnych. Główny gościniec z Krakowa na Śląsk odgrywający ważną rolę w procesie osadnictwa prowadził właśnie przez obszar gminy Jerzmanowice-Przeginia.
Proces zasiedlania terenów należących do dzisiejszej gminy Jerzmanowice-Przeginia był intensywny do końca XIV w. U schyłku średniowiecza zasadnicza sieć osadnicza była tu już wykształcona. Przemiany osadnicze w okresie nowożytnym polegały przede wszystkim na przekształcaniu istniejącej struktury. Na rozwój poszczególnych miejscowości wpływała sytuacja gospodarczo-polityczna, rozwój ten zależny był również od klęsk nieurodzaju, pożarów, wojen i okresów zarazy.
Do wczesnych osad w okolicy należy Przeginia, która pojawiła się w dokumentach w 1228 r. jako wieś płacąca dziesięcinę z nowizn, czyli z ról pozyskiwanych przez karczunek. W 1276 r. wystawiony został przywilej przeniesienia Przegini, położonej „przy drodze publicznej na wzgórzu zwanym "Kamowa Góra" na czynszowe prawo niemieckie. Za Kazimierza Wielkiego sołtys przegiński powołany był na ławnika sądu wyższego prawa niemieckiego na zamku krakowskim. Racławice znane są w latach 1325-27 jako osada parafialna, a przypuszczalna data lokacji Racławic jako wsi na prawie niemieckim przypada na koniec XIII w. Lokacja Jerzmanowic nastąpiła prawdopodobnie między rokiem 1325 a 1335, kiedy to parafia Jerzmanowice pojawiła się w spisach świętopietrza. Osada była wówczas wsią królewską, której sołtys według przywileju z 1356 r. zasiadał wśród ławników sądu najwyższego prawa niemieckiego na zamku królewskim. W spisach świętopietrza z lat 1325-1327 wzmiankowana jest również parafia w Sąspowie, w której istniał drewniany kościół. Początki wsi Gotkowice sięgają XIII w. Z 1329 r. pochodzi natomiast przywilej lokacyjny wsi Szklary, które były lokowane na surowym korzeniu w zamian za 20-letni okres wolnizny dla osadników i 2-łanowe sołectwo dla zasadźcy. Z 1337 r. pochodzi pierwsza wzmianka o Czubrowicach będących wsią na prawie niemieckim. Sołtys Czubrowic zasiadał w 1337 r. wśród ławników w sądzie najwyższym prawa niemieckiego na zamku królewskim. W latach 1335-1337 istniał już w Jerzmanowicach drewniany kościół. Z 1389 r. pochodzi wzmianka o Racławicach, a z 1406 r. o Gotkowicach. Gotkowice należały do parafii Jerzmanowice (były jedyną osadą należącą do tej parafii). W XIV w. istniała w Gotkowicach gospoda zajezdna.
W latach 1470-1480 było we wsi 6 łanów i 1 pręt kmiecy 1/12 łana. Taką samą liczbę łanów, na których gospodarowało 5 kmieci wskazuje lustracja z 1564 r. Źródła z XV w. wymieniają karczmy w Sąspowie i Przegini. W XV w. rozpoczął się w Polsce proces zakładania folwarków, z reguły przez właścicieli poszczególnych wsi. Na obszarze gminy Jerzmanowice-Przeginia w 3 ćw. XV w. pojawiają się informacje o folwarkach w Sąspowie i Jerzmanowicach, przy czym folwark w Jerzmanowicach zanikł już w pierwszej Polowie XVI w. W 1511 r. zbudowany został nowy drewniany kościół w Racławicach. Z XVI w. pochodzą informacje o karczmach Czubrowicach i Szklarach. W 1684 r. istniał w Gotkowicach nowo utworzony folwark. W 1696 r. wybudowany został kościół św. Jana Chrzciciela wraz ze szpitalem dla ubogich w Jerzmanowicach, a w XVIII w. powstały szpitale dla ubogich Racławicach i Sąspowie. W roku 1783 wybudowany został murowany kościół w Sąspowie. W 1789 r. zanotowano w Jerzmanowicach 662 mieszkańców i 115 domów, a w Sąspowie 474 mieszkańców i 86 domów. W 1791 r. działała w Jerzmanowicach karczma, a mieszkańcy miejscowości trudnili się furmaństwem. Wieś liczyła wówczas 558 mieszkańców i 114 domostw. Dokumenty z 1791 r. potwierdzają, że Sąspów liczył wtedy 84 domy i 436 mieszkańców, a Łazy 182 mieszkańców. W 1789 r. zanotowano w Racławicach 532 mieszkańców i 115 domów, a w 1791 r. 777 mieszkańców i 131 domów. W 1792 r. wieś liczyła 725 mieszkańców, działał tam browar, gorzelnia i 5 młynów wodnych. W 1789 r. w Szklarach było 50 domów i 256 mieszkańców, a w roku 1792 49 domów i 290 mieszkańców. Szklary w 1792 r. liczyły 290 mieszkańców, stał tam dwór, browar, młyn i karczma. W 1789 r. Przeginię zamieszkiwały 662 osoby. W1827 r. Jerzmanowice liczyły 114 domów i 832 mieszkańców, Przeginia 104 domy i 761 mieszkańców, a Racławice 143 domy i 972 mieszkańców. W Szklarach było 290 mieszkańców, 16 kmieci uprawiało 8 łanów. Folwark w Gotkowicach przetrwał do XIX w. Dwór stojący w pobliżu centrum Gotkowic został rozebrany w latach 70. XX w.
Współczesny rozwój przestrzenny miejscowości położonych w gminie Jerzmanowice-Przeginia nie spowodował zatracenia czytelności zasadniczych cech ich układu przestrzennego, reprezentujących różne typy rozplanowania.
Zabudowa tradycyjna, pierwotnie drewniana o konstrukcji zrębowej i drewniano-murowana z wykorzystaniem miejscowego kamienia została wyparta przez murowaną zabudowę o bardzo zróżnicowanym charakterze. Do końca lat 60. XX w. budynki mieszkalne i gospodarcze stawiane były jeszcze w formie nawiązującej do tradycyjnej – parterowe o horyzontalnym układzie bryły i dwuspadowych dachach. W późniejszym okresie zabudowa zaczęła znacznie odbiegać od form tradycyjnych.