Gmina Jerzmanowice – Przeginia położona na Wyżynie Krakowsko – Częstochowskiej pod względem klimatycznym należy do krainy Śląsko – Krakowskiej regionu klimatów Wyżyn Środkowych. Charakterystyczną cechą klimatu jest według Romera skrócenie pośrednich pór roku, tzw. szarug, jesiennej i wiosennej. Na tym obszarze szarugi trwają tylko 55 dni, podczas gdy w Polsce południowej 67 dni, a nad Bałtykiem aż 87 dni. Znaczne urozmaicenie rzeźby, duże deniwelacje, zmienność ekspozycji, a także różny stopień pokrycia terenu przez szatę roślinną, zwłaszcza leśną, znajduje wyraz w stosunkach klimatycznych. Większe doliny wykazują cechy klimatu górskiego, zwłaszcza pod względem rozkładu nasłonecznienia, dużych amplitud dobowych temperatur powietrza, częstych inwersji.
Na wierzchowinie jurajskiej zaznaczają się rysy kontynentalne. Średnia temperatura roku dla tego obszaru wynosi około 7,5oC, w dnach dolin spada do około 6oC. Rozkład temperatury w przekrojach poprzecznych dolin wykazuje duże kontrasty termiczne i wilgotnościowe, zależnie również od ekspozycji. Temperatura powietrza w południe na skałach o wystawie południowej może dochodzić nawet do 60oC, zaś o tej samej porze w lesie o ekspozycji północnej osiąga zaledwie 20oC. W stosunkach termicznych interesującego nas obszaru obserwuje się wyraźną inwersję, czyli odwrócenie w stosunku do rzeźby, która wpływa na powstawanie wieczornych i nocnych spływów chłodnego powietrza i jego stagnację w dnach dolin. W niektórych porach roku, zwłaszcza na wiosnę i jesienią różnice temperatur między wierzchowiną a dnami dolin mogą dochodzić nawet do 10oC. Często są więc sytuacje gdy w dnach dolin (Racławki, Sąspówki, Będkowskiej) utrzymują się mgły, a w rejonie ostańców jest słoneczna pogoda. Taki rozkład temperatury zanika podczas pogody pochmurnej i wówczas najcieplejsze jest dno doliny, a wyższe partie zboczy i wierzchowina mają niższe temperatury. Średnia wielkość opadów wynosi około 700 mm rocznie. Rzeźba terenu wywiera duży wpływ na klimat lokalny poszczególnych jej częściach. Wiosnę charakteryzują silne kontrasty mikroklimatyczne, a więc duże różnice w topnieniu pokrywy śnieżnej i w rozpoczęciu wegetacji. W dolinach np. zalega jeszcze śnieg, a na zboczach o ekspozycji południowej kwitną pierwsze rośliny wczesnowiosenne. Lato odznacza się dużą zmiennością typów pogody i wspomnianymi różnicami w rozkładzie temperatur w profilach poprzecznych dolin. Na kształtowanie się stosunków mikroklimatycznych tej pory roku zasadniczą rolę obok rzeźby terenu odgrywa szata roślinna. Szczególnie czytelne różnice zwłaszcza termiczne występują między zbiorowiskami leśnymi i murawami. Osobliwością jest również duża ilość burz (drugie miejsce w kraju po Tatrach), zazwyczaj krótkotrwałych (15-20 min.). O tej porze roku notuje się również największe sumy opadów. Pod koniec lata i na początku jesieni pogoda jest bardziej ustabilizowana. Występuje duża liczba dni słonecznych („złota jesień”), pojawiają się częstsze i silne inwersje termiczne. Jesienią zanikają kontrasty mikroklimatyczne między wierzchowiną a dnem dolin, czego przyczyną są silniejsze wiatry oraz malejący wpływ szaty roślinnej. Zima w gminie Jerzmanowice – Przeginia jest dłuższa i bardziej mroźna w porównaniu do otaczających regionów, a dłuższemu zaleganiu pokrywy śnieżnej sprzyja większa wysokość omawianego obszaru nad poziom morza (około 400 – 450m n.p.m.).
Wspomniany klimat lokalny uwarunkowany rzeźbą, stopniem pokrycia przez szatę roślinną wywiera znaczny wpływ na rozmieszczenie fauny, głównie bezkręgowców. Decyduje także o zróżnicowaniu roślinności. Zbocza o ekspozycji północnej, o klimacie chłodnym wilgotnym porasta przeważnie buczyna karpacka, skrawki lasów jaworowych, cieniolubne murawy i zespoły mszaków zbocza południowe, dobrze nasłonecznione zajmują zespoły muraw naskalnych i kserotermicznych oraz ciepłych zarośli (wśród nich godna uwagi wisienka stepowa).