Obszar Gminy Jerzmanowice – Przeginia obejmuje dorzecze lewobrzeżnych dopływów Wisły. Stosunki wodne tego terenu wiążą się z krasowym charakterem rzeźby. Sieć rzeczna w porównaniu do pozostałych części Wyżyny Krakowsko – Częstochowskiej jest dość gęsta i wynosi około 0,5km/km2. Oprócz stałych potoków występują ale sporadycznie cieki okresowe. Do największych i najbardziej interesujących należą potoki Będkówka, Szklarka i Racławka.
Termika wód powierzchniowych, zależna w pewnym stopniu od temperatury powietrza wskazuje mniejsze amplitudy w ciągu roku w porównaniu do innych regionów kraju. Niższe temperatury latem (około 12,6oC) tłumaczy się dużym udziałem wód podziemnych w zasilaniu potoków.
Na obszarze jurajskim wypływa kilkaset źródeł, których wydajność wynosi od 0,01 do kilkudziesięciu (50 – 60) l/sek. Najliczniejsze są źródła małe o wydajności do 5 l/sek. Najciekawsze i największe na terenie gminy Jerzmanowice – Przeginia jest źródło Pióro. To wywierzysko krasowe znajduje się w dolinie Szklarki, a jego wydajność dochodzi do 60 l/sek.
W uszczelnionych i krasowych wapieniach woda opadowa szybko i łatwo przenika w głąb, dlatego wody podziemne zalegają głęboko w skałach węglanowych tworząc kilka poziomów i pięter wodonośnych. Najważniejszą rolę w kształtowaniu stosunków hydrogeologicznych odgrywa piętro wód jurajskich, mające także duże znaczenie gospodarcze. Ma ono największe rozprzestrzenienie i wyróżnia się dużym zasobem wód. Wody podziemne występują również w utworach kredowych, głównie marglach, zwłaszcza we wschodniej części obszaru oraz w osadach czwartorzędowych. Głębokość do zwierciadła wód podziemnych wynosi od 1,5 do 95 metrów. Wierzchowina jurajska (okolice Jerzmanowic) jest uboga w wodę, tam też wody podziemne zalegają najgłębiej. Wody w skałach wapiennych i marglach krążą w szczelinach, wzdłuż których rozwinęły się różnorodne zjawiska krasowe.
Zauważalnym problemem jest czystość wód, zwłaszcza powierzchniowa. Do najczystszych potoków należy Sąspówka o czym świadczy jej interesująca i bogata folra i fauna wodna.