Jerzmanowice są zaliczane do osad istniejących już w XIII wieku. Pierwsza wzmianka o Jerzmanowicach jest udokumentowana w „Monumenta Poloniae Vaticana „ stwierdzeniem, że w r. 1335 nastąpiło zapłacenie dziesięciny papieskiej w wysokości 4 skojce ze wsi Hermana [Villa Hermani]. Wielkość tej daniny pozwala oszacować ludność tej parafii – Jerzmanowic i Gotkowic – na około 270 osób. Wieś została nazwana od imienia swego zasadźcy Hermana.
Ta nazwa patronimiczna przez wieki ulegała w różnych dokumentach licznym przekształceniom. W kolejnych latach było to tak:
Według przywileju króla Kazimierza Wielkiego z r. 1356 sołtysi jerzmanowiccy zasiadali wśród ławników sądu najwyższego prawa niemieckiego na zamku krakowskim. Był to sąd apelacyjny od wyroków sądów miejskich – wójtowskich i wiejskich – sołtysich. W latach 1388 – 93 sołtys Herman [Irzman] pieczętował się herbem Turzyna, natomiast po 1399 r. Hermanowie [Jirzmanowie] pieczętują się herbem Nowina. W 1406 r. zostało utworzone królewskie starostwo ojcowskie, w skład którego włączono Jerzmanowice, będące jego największą wsią. Gdy burgrabia zamku ojcowskiego Feder zaczął m.in. zmuszać chłopów jerzmanowickich do nadmiernych obciążeń, w 1421 r. został pozwany przez sołtyskę Małgorzatę. W czasach Jana Długosza kmiecie w Jerzmanowicach posiadali 26 ról, oprócz tego jedna rola była przyłączona do folwarku dworskiego. Była również karczma z ziemią i młyn. Najstarsza karczma Stanisława Gawrona istniała już w 1398 r. W 1564 r. folwark już nie istniał, ze względu na wyjałowienie ziemi. Pleban jerzmanowicki otrzymał donację zatwierdzoną przez króla Jana III Sobieskiego w 1676 r., oraz przez króla Augusta II w 1697 r. Ta posiadłość składała się 70 morgów gruntów ornych i 16 morgów łąk, zarośli, placów i ogrodów. Chłopi z Jerzmanowic, Gotkowic i Szklar wystąpili ze skargą na starostę ojcowskiego Stanisława Płazę za oszustwa i podwyższanie pańszczyzny. Wysłali delegatów do Lublina, gdzie przebywał król Zygmunt August, podpisując 1 lipca 1569 r. dokument o utworzeniu unii polsko – litewskiej. Delegacja została przyjęta i uzyskała dekret królewski z 22 czerwca 1569 r. zabraniający staroście wymagania świadczeń nadobowiązkowych. Mieszkańcy Jerzmanowic, wsi królewskiej, mieli poczucie siły stawiania oporu wszelkiej niesprawiedliwości i wyróżniali się przedsiębiorczością, odwagą i obyciem w świecie. W 1788 r. Jerzmanowice i Gotkowice zbuntowały się przeciw dworowi po zatargu z ekonomem Rylskim. Po tajnej naradzie w karczmie postanowiono rozpocząć proces ze starościną ojcowską Marianną Zasławską. Inicjatorami takiego wystąpienia byli: Tomasz Adamczyk, Piotr Pogan, Jan Sołtysik, Stanisław Krawczyk oraz Szymon Niedziołka. Pozbawili atrybutów władzy i urzędów wójta Mikołaja Szlachtę i przysięgłego Wojciecha Krupę, krórzy nie poparli tego buntu. Wnieśli suplikę do Referendarii, gdzie doszło do rozprawy sądowej 28 czerwca 1788 r. w Warszawie, pod przewodnictwem referendarza wielkiego koronnego Stanisława Nałęcza Małachowskiego. Proces trwał aż do 1792 r., zakończony wyrokiem, jednym z najbardziej postępowych. Jednak nie został wprowadzony w życie, ponieważ Referendaria już była bezradna u schyłku niepodległości Polski. Warto nadmienić, że pierwsza wzmianka o istnieniu szkoły w Jerzmanowicach pochodzi z 1598 r., gdy bakałarzem był Grzegorz z Gliwic, następne pochodzą z lat 1618, 1663, 1818. Rządowa szkoła powszechna powstała po odzyskaniu niepodległości w 1918 r. Jerzmanowice posiadają dwa kościoły: parafialny z roku 1827 – 30 pw. św. Bartłomieja Apostoła, oraz dawny kościół szpitalny z 1696 r. pw. św. Jana Chciciela wzniesiony przez Jana Sroczyńskiego, zacnego mieszczanina krakowskiego pochodzącego z Jerzmanowic.
Mieszkańcy Jerzmanowic uczestniczyli w wojnie polsko – bolszewickiej w 1920 r., jak również w wojnie obronnej w 1939 r., a czasie niemieckie okupacji młodzież licznie należała do Armii Krajowej. Przez obszar Jerzmanowic przebiegała niemiecka linia obronna wybudowana w 1944 r., składająca się rowów strzeleckich, zasieków z drutu kolczastego , różnego rodzaju bunkrów, oraz rowu przeciwczołgowego. Obok skały Grodzisko o wysokości 512,8 m.n.p.m., czyli najwyższego wzniesienia na terenie Wyżyny Krakowsko – Częstochowskiej była wybudowana radiostacja wojskowa ze 100 metrowym masztem, gdzie doprowadzono linię wysokiego napięcia z Jaworzna. Niemcy nie zdążyli obsadzić tych umocnień obronnych, gdy 17 stycznia 1945 r. czołgi 59 Armii Radzieckiej jadące wzdłuż rowu przeciwczołgowego napotkały uciekający z Jerzmanowic sztab niemiecki z komendantem Pradelokiem. Koło Ostrej Góry, na pograniczu terenu Jerzmanowic, Gotkowic i Przegini wszyscy Niemcy zginęli.
Na terenie Jerzmanowic istnieją 33 pomniki przyrody w postaci ostańców. Dużą atrakcją turystyczną wsi jest oświetlona Jaskinia Nietoperzowa z pozostałościami z okresu paleolitu. Tym odkryciom nadano nazwę Kultury Jerzmanowickiej. Tajemnicza eksplozja na ostańcu Babia Skała 14 stycznia 1993 r. została nazwana Incydentem Jerzmanowickim ze względu na brak jednoznacznego wyjaśnienia przez naukowców przyczyn tego zjawiska. Jerzmanowice są siedzibą Gminy Jerzmanowice – Przeginia.